Taxhub

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**🚀 Nouveautés**

* Ajout de commandes permettant de gérer la base de connaissance du
SINP des statuts des espèces :
* `flask taxref import-bdc-v14` : utile si vous avez appelez
`import-v14` avec `--skip-bdc-statuts`
* `flask taxref import-bdc-v15` : utile si vous avez appelez
`import-v15` avec `--skip-bdc-statuts`
* `flask taxref delete-bdc` : permet de vider les tables de la BDC
Statuts
* `flask taxref link-bdc-statut-to-areas` : permet de peupler la
table `bdc_statut_cor_text_area`; utile si vous avez importé
votre BDC Statuts avec TaxHub ≤ 1.10.4
* Mise à jour de UsersHub-authentification-module en version 1.6.2
* Les doublons ont été supprimés des données source de la BDC Statuts
afin d'éviter cette lente opération lors de l'intégration dans la
base de données.
* Les données des départements, nécessaires à la BDC Statuts, sont
importées par défaut
* Les références à l'`ID_APP` sont supprimées au profit du
`CODE_APPLICATION` (`TH` par défaut)
* Le dossier des fichiers statiques peut être défini avec la variable
d'environnement `TAXHUB_STATIC_FOLDER`
* Ajout d'un `Dockerfile` et publication automatique des images de
celui-ci par Github Action

**🐛 Corrections**

* La table `bdc_statut_cor_text_area` est correctement peuplée lors de
l'intégration de la BDC Statuts.
* Le service systemd ne dépend plus de PostgreSQL pour les cas
d'utilisation d'une base de données distante (mais continue de
démarrer avant dans le cas d'une base de données locale).

**⚠️ Notes de version**

* Si vous mettez à jour TaxHub, peuplez les données de la table
`bdc_statut_cor_text_area` en utilisant la commande suivante :

sh
cd ~/taxhub
source venv/bin/activate
flask taxref link-bdc-statut-to-areas

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**🚀 Nouveautés**

* Mise à jour de la documentation d'installation
* Mise à jour des dépendances :
* RefGeo 1.2.0

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**🐛 Corrections**

* Correction de la vue matérialisée `vm_taxref_list_forautocomplete`
* Rendre le stockage des medias sur les services S3 vraiment
facultatif
* Installer la BDC statuts version 15 avec Taxref v15

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**🐛 Corrections**

* Correction du chemin vers les scripts de migration Taxref v15

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**🐛 Corrections**

* Ajout de `gunicorn` au requirements.
* Modification du script de démarrage `systemd` pour lancer TaxHub
après PostgreSQL.

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⚠️ Si vous utilisez GeoNature, vous devez mettre à jour celui-ci en
version 2.10.

**🚀 Nouveautés**

* Passage à la version 15 de Taxref ainsi que de la BDC statuts,
utilisée par défaut pour les nouvelles installations (322)
* Mise en place de scripts python pour la mise à jour de Taxref à
partir de sa version 15, dans le dossier
`apptax/taxonomie/commands/migrate_taxref`, à la place des scripts
shell (322)
* Ajout de l'option `--keep-cdnom` aux scripts de mise à jour de
Taxref, pour empêcher la suppression des cd_noms manquants (306)
* Ajout du champs `group3_inpn`, ajouté dans la v15 de Taxref
* Ajout des API pour les statuts de protection et de listes rouges
(291)
* Ajout d'une table d'association entre les statuts et le
référentiel géographique `taxonomie.bdc_statut_cor_text_area`.
L'association entre les textes et les statuts est réalisée lorsque
le texte est associé à une région ou un département (323)
* Possibilité de passer des paramètres de configuration par variable
d'environnement préfixée par `TAXHUB_`
* Fichiers de log :
* Les logs sont à présent écrits dans le fichier
`/var/log/taxhub/taxhub.log`
* L'outil `logrotate` est configuré pour assurer la rotation du
fichier
* L'ancien fichier de log `/var/log/taxhub.log` est intouché; vous
pouvez le supprimer, ou l'archiver manuellement.
* Mise à jour des dépendances :
* Utils-Flask-SQLAlchemy 0.3.0
* UsersHub-authentification-module 1.6.0
* RefGeo 1.1.1

**🐛 Corrections**

* Correction d'un problème lié au double-chargement de Flask en mode
développement.
* Correction d'un problème au démarrage de Flask lorsque la base de
données n'a pas encore été créée.

**💻 Développement**

* Exécution automatique des tests backend avec Github actions
* Le code est désormais formaté avec Black; une Github action y veille
* Mise à jour de Flask version 1 à 2
* Migrations Alembic : possibilité de rendre l'intégration de la BDC
statuts optionnelle
* Ajout de la dépendance au module RefGeo
* Suppression des exemples de taxons (`taxonomie_taxons_example.sql`
et `taxonomie_attributes_example.sql`)
* Création de commandes pour l'insertion des données du référentiel,
hors Alembic (333)

**⚠️ Notes de version**

* Les branches Alembic `taxonomie_inpn_data`,
`taxonomie_taxons_example` et `taxonomie_attributes_example` ont été
supprimées. Après avoir mis à jour TaxHub en version 1.10, vous
devez supprimer toutes références à ces dernières, sans quoi Alembic
vous indiquera qu'il ne connait pas certains numéros de révision :


(venv)$ flask db exec "delete from public.alembic_version where version_num in ('f61f95136ec3', 'aa7533601e41', '8222017dc3f6')"


* **Si vous n'utilisez pas GeoNature**, vous devez appliquer les
évolutions du schéma `taxonomie` depuis TaxHub :
* Se placer dans le dossier de TaxHub : `cd ~/taxhub`
* Sourcer le virtualenv de TaxHub : `source venv/bin/activate`
* Appliquer les révisions du schéma de la base de données :
`flask db autoupgrade`
* Sinon le faire depuis GeoNature `(venv)$ geonature db autoupgrade`,
après la mise à jour de ce dernier en version 2.10
* La mise à jour de la version 14 à 15 de Taxref est désormais
réalisée par des scripts python, disponibles dans le dossier
`apptax/taxonomie/commands/migrate_taxref`
* Les mises à jour précédentes de Taxref jusqu'à la version 14
restent disponibles dans le dossier `data/scripts/update_taxref`
* Il est possible d'installer TaxHub avec Taxref v14. Pour cela il
faut utiliser les commandes suivantes :

sh
flask db upgrade taxonomiehead
flask taxref import-v14 --skip-bdc-statuts