Taxhub

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**🐛 Corrections**

* Correction d'un bug qui empêchait l'ajout d'une liste

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**🚀 Nouveautés**

* Packaging de l'application TaxHub
* Passage de `supervisor` à `systemd`
* Les logs de l'application se trouvent désormais dans le
répertoire système `/var/log/taxhub.log`
* Ajout d'un template de configuration Apache et révision de la
documentation sur le sujet
* Gestion de la base de données et de ses évolutions avec
[Alembic](https://alembic.sqlalchemy.org/)
* Possibilité d'installer le schéma `taxonomie` avec Alembic sans
passer par une application Flask telle que TaxHub
* Ajout de fonctions permettant la recherche du cd_nom ou cd_ref à
partir d'un nom latin (`match_binomial_taxref`), et permettant de
vérifier si une valeur est bien un cd_ref existant
(`check_is_cd_ref`) (par DonovanMaillard)
* Ajout d'une fonction `find_all_taxons_parents(cd_nom)` retournant
les cd_nom de tous les taxons parents d'un cd_nom
(par DonovanMaillard)
* Ajout de la vue `v_bdc_status` (par jpm-cbna)
* Suppression de `ID_APP` du fichier de configuration (auto-détection
depuis la base de données)
* Mise à jour de
[UsersHub-authentification-module](https://github.com/PnX-SI/UsersHub-authentification-module/releases)
en version 1.5.3
* Mise à jour de
[Utils-Flask-SQLAlchemy](https://github.com/PnX-SI/Utils-Flask-SQLAlchemy/releases)
en version 0.2.4

**🐛 Corrections**

* Corrections pour servir TaxHub sur un préfixe (typiquement
`/taxhub`)
* Correction des scripts pour mettre à jour TAXREF (274 et 283)
* Correction de la valeur par défaut du champs
`taxonomie.bib_listes.id_liste` (275)

**⚠️ Notes de version**

* Avec le passage à Alembic pour la gestion de la BDD, les fichiers
SQL de création du schéma `taxonomie` ont été déplacés dans
`apptax/migrations/data/` et ils ne sont plus mis à jour à chaque
nouvelle version, car ils sont désormais gérés par des migrations
Alembic.

Pour mettre à jour TaxHub :

* Suppression de `supervisor` :
* Vérifier que TaxHub n'est pas lancé par supervisor :
`sudo supervisorctl stop taxhub`
* Supprimer le fichier de configuration de supervisor
`sudo rm /etc/supervisor/conf.d/taxhub-service.conf`
* Si supervisor n'est plus utilisé par aucun service (répertoire
`/etc/supervisor/conf.d/` vide), il peut être désinstallé :
`sudo apt remove supervisor`
* Installer le paquet `python3-venv` nouvellement nécessaire :
`sudo apt install python3-venv`
* Déplacer le fichier de configuration `config.py` situé à la racine
de TaxHub dans le sous-dossier `apptax`
* Suivre la procédure standard de mise à jour de TaxHub :
https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
* Si vous servez TaxHub sur un préfixe (*e.g.* `/taxhub`), rajouter
dans `config.py` le paramètre suivant :
`APPLICATION_ROOT = '/taxhub'`
* Passage à `systemd` :
* Le fichier `/etc/systemd/system/taxhub.service` doit avoir été
installé par le script `install_app.sh`
* Pour démarrer TaxHub : `sudo systemctl start taxhub`
* Pour activer le lancement automatiquement de TaxHub au démarrage
: `sudo systemctl enable taxhub`
* Révision de la configuration Apache :
* Le script d'installation `install_app.sh` aura installé le
fichier `/etc/apache2/conf-available/taxhub.conf` permettant de
servir TaxHub sur le préfixe `/taxhub`.
* Vous pouvez utiliser ce fichier de configuration soit en
l'activant (`sudo a2enconf taxhub`), soit en l'incluant dans la
configuration de votre vhost
(`Include /etc/apache2/conf-available/taxhub.conf`).
* Si vous gardez votre propre fichier de configuration et que vous
servez TaxHub sur un préfixe (typiquement `/taxhub`), assurez
vous que ce préfixe figure bien également à la fin des
directives `ProxyPass` et `ProxyPassReverse` comme c'est le cas
dans le fichier `/etc/apache2/conf-available/taxhub.conf`.
* Si vous décidez d'utiliser le fichier fourni, pensez à supprimer
votre ancienne configuration apache
(`sudo a2dissite taxhub && sudo rm /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf`).
* **Si vous n'utilisez pas GeoNature**, vous devez appliquer les
évolutions du schéma `taxonomie` depuis TaxHub :
* Se placer dans le dossier de TaxHub : `cd ~/taxhub`
* Sourcer le virtualenv de TaxHub : `source venv/bin/activate`
* Indiquer à Alembic que vous possédez déjà la version 1.8.1 du
schéma `taxonomie` et les données d'exemples :
`flask db stamp 3fe8c07741be`
* Indiquer à Alembic que vous possédez les données INPN en base :
`flask db stamp f61f95136ec3`
* Appliquer les révisions du schéma `taxonomie` :
`flask db upgrade taxonomiehead`

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**🐛 Corrections**

* Correction de la migration Taxref v11 vers v13 pour les versions de
PostgreSQL <12

**⚠️ Notes de version**

* Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les
notes des versions intermédiaires

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**🚀 Nouveautés**

* Passage à la version 14 de Taxref, utilisée par défaut pour les
nouvelles installations
* Intégration du référentiel BDC statuts
(https://inpn.mnhn.fr/telechargement/referentielEspece/bdc-statuts-especes),
peuplé lors du passage à Taxref v14. Pour des raisons de
compatibilité avec GeoNature les anciens statuts de protection et
les listes rouges sont toujours présents (157)
* Support du stockage des medias sur les services de stockages S3
(248 par jbdesbas)
* Ajout d'un champs `code_liste` dans la table `taxonomie.bib_listes`
pour utiliser des codes plutôt que des identifiants et faciliter
l'interopérabilité des données entre outils
* Ajout d'un paramètre `fields` à la route `/taxref/search/` afin de
pouvoir récupérer dans la réponse des champs supplémentaires selon
les besoins (243)
* Recherche non sensible aux accents pour la route `allnamebylist`
* Mise à jour de AngularJS en version 1.8.0
* Mise à jour de différentes dépendances Python

**🐛 Corrections**

* Correction de la génération des vignettes des images

**⚠️ Notes de version**

* Exécuter la commande suivante pour ajouter l'extension PostgreSQL
`unaccent`, en remplaçant la variable `$db_name` par le nom de votre
BDD :
`sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c 'CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS "unaccent";'`
* Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD
(https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.7.3to1.8.0.sql)
* Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub :
https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
* Vous pouvez exécuter la mise à jour vers Taxref v14, en suivant la
procédure et les scripts dédiés
(https://github.com/PnX-SI/TaxHub/tree/master/data/scripts/update_taxref).
Cela peuplera aussi la BDC statuts.
* Pour des raisons de compatibilité avec GeoNature, laissez les
`code_liste` au format numérique pour le moment

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**🚀 Nouveautés**

* Ajout de tests unitaires
* Mise à jour des dépendances (`psycopg2` et `SQLAlchemy`)

**🐛 Corrections**

* Correction d'un bug sur la récupération des attributs des taxons
(235 par jbdesbas)
* Script de récupération des médias sur INPN. Le script continue
lorsqu'un appel à l'API renvoie un autre code que 200

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**🚀 Nouveautés**

* Ajout du nom vernaculaire (`nom_vern`) dans la vue matérialisée
`taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete` et dans la route associée
(`api/taxref/allnamebylist/`)

**🐛 Corrections**

* Correction de la pagination des routes quand le paramètre `offset`
est égal à zéro (nécessaire pour Sync-mobile)

**⚠️ Notes de version**

* Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD
(https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.7.1to1.7.2.sql)
* Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub :
https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application