Taxhub

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**🐛 Corrections**

* Correction et homogénéisation des paramètres `offset` et `page` sur
toutes les routes (229)
* Correction de la route de récupération de la configuration sans le
"/" (228)
* Suppression des doublons de la route `allnamebylist`, entrainant un
nombre de résultats différent du paramètre `limit` fourni

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**🚀 Nouveautés**

* Mise à jour de Taxref en version 13
* Intégration brute de la Base de connaissance des statuts des espèces
correspondant à la version 13 de Taxref, en vue de la révision des
statuts de protection (157)
* Migration de la librairie OpenCV vers PIL (plus légère) pour le
redimensionnement des images et suppression de la librairie
dépendante NumPy (209)
* Mise à jour des librairies Python (Flask 1.1.1, Jinja 2.11.1,
Werkzeug 1.0.0, gunicorn20.0.4) et Javascript (AngularJS 1.7.9,
Bootstrap 3.4.1)
* Suppression du paramètre `id_application` du fichier
`static/app/constants.js` de façon à ce qu'il soit récupéré de
façon dynamique
* Ajout de fonctions génériques de détection, suppression et création
des vues dépendantes dans le schéma `public`
(`data/generic_drop_and_restore_deps_views.sql`)
* Route `allnamebylist` enrichie avec un paramètre `offset` pour que
l'application Occtax-mobile puisse récupérer les taxons par lots
(208)
* Utilisation du `cd_sup` au lieu du `cd_taxsup` dans la fonction
`taxonomie.find_all_taxons_children()` pour prendre en compte les
rangs intermediaires
* Ajout de la colonne famille au modèle `VMTaxrefHierarchie` (211)
* Ajout d'un manuel administrateur listant les fonctions SQL de la
BDD (par jbdesbas)
* Révision et compléments de la documentation (par ksamuel)
* Ajout d'un lien vers le manuel utilisateur depuis la barre de
navigation de l'application
* Changement de modélisation de la table
`vm_taxref_list_forautocomplete` qui redevient une vue matérialisée
(219). A rafraichir quand on met à jour Taxref

**🐛 Corrections**

* Correction d'un bug de suppression des attributs suite à une erreur
d'enregistrement (80)
* Correction d'un bug lors de la modification d'un média
* Correction des doublons (216) et des noms manquants (194) dans
la vue matérialisée `vm_taxref_list_forautocomplete` (219)
* Impossibilité d'associer une valeur nulle à un attribut
* Nettoyage et suppression des scripts SQL et de leurs mentions à
GeoNature v1 et UsersHub v1

**⚠️ Notes de version**

* Vous pouvez supprimer le paramètre `id_application` du fichier
`static/app/constant.js` car il n'est plus utilisé
* Vous pouvez supprimer les anciennes listes de taxons qui
correspondaient à des groupes utilisés par GeoNature v1 (Flore,
Fonge, Vertébrés, Invertébrés, Amphibiens, Oiseaux, Poissons...)
* Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD
(https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.5to1.7.0.sql)
* Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub :
https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
* Vous pouvez mettre à jour Taxref en version 13 avec la documentation
et les scripts du dossier `data/scripts/update_taxref/`
(https://github.com/PnX-SI/TaxHub/tree/master/data/scripts/update_taxref)

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**Corrections**

* Compatibilité Python > 3.5 : utilisation de
`<ImmutableDict>.to_dict()` pour convertir le résultat d'un
formulaire en dictionnaire (Corrige le bug d'ajout de média)

**Notes de version**

* Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub :
https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application>

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**Corrections**

* Logging des erreurs lorsque des exceptions sont attrapées (évite les
erreurs silencieuses)
* Gestion des taxons synonymes dans la vue gérant la recherche des
taxons (`vm_taxref_list_forautocomplete`)
* Modification de la méthode d'installation du virtualenv
* Utilisation de nvm pour installer node et npm (uniformisation avec
GeoNature)

**Notes de version**

* Exécuter le script de migration SQL
(https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.3to1.6.4.sql>)
* Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub :
<https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application>

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**Nouveautés**

* Intégration du trigramme dans le champs de recherche de taxon de
TaxHub
* Route de recherche de taxon : Possibilité de limiter à un rang
* Ajout de la fonction `taxonomie.find_all_taxons_children` qui
renvoie tous les taxons enfants d'un taxon à partir d'un `cd_nom`
* Mise à jour de OpenCV en 3.4.2

**Corrections**

* Suppression de l'index `taxref.i_taxref_cd_nom` inutile (192)

**Notes de version**

* Exécuter le script de migration SQL
(https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.2to1.6.3.sql)
* Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub :
https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application

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**Nouveautés**

* Ajout du rang de l'espèce et du cd_nom sur l'API de recherche des
taxons (autocomplete dans la table
`vm_taxref_list_forautocomplete`), utilisée par GeoNature

**Corrections**

* Ajout d'index uniques pour le rafraichissement des vues
matérialisées
* Correction de l'index sur la table
`taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete` pour le trigramme
* Centralisation des logs supervisor et gunicorn dans un seul fichier
(`taxhub_path/var/log/`)

**Note de version**

* Afin que les logs de l'application (supervisor et gunicorn) soient
tous écrits au même endroit, modifier le fichier
`taxhub-service.conf`
(`sudo nano /etc/supervisor/conf.d/taxhub-service.conf`). A la ligne
`stdout_logfile`, remplacer la ligne existante par :
`stdout_logfile = /home/<MON_USER>/taxhub/var/log/taxhub-errors.log`
(en remplaçant `<MON_USER>` par votre utilisateur linux)
* Pour ne pas avoir de conflits de sessions d'authentification entre
TaxHub et GeoNature, ajouter une variable `ID_APP` dans le fichier
de configuration `config.py` et y mettre l'identifiant de
l'application TaxHub tel qu'il est inscrit dans la table
`utilisateurs.t_applications`. Exemple : `ID_APP = 2`
* Exécuter le script de migration SQL :
https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.6.1to1.6.2.sql
* Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub :
https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application